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Code Block | ||||
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#!/bin/bash rm file_list find . -typemaxdepth f1 -maxdepthtype 1f | sed 's/.\///' > file_list num_files=`cat file_list | wc -l | tr -d ' '` cat > run_array_job << EOF #!/bin/bash #PBS -P PANDORA #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=4GB #PBS -l walltime=15:20:10 #PBS -J 1-${num_files} cd \$PBS_O_WORKDIR filename=\`sed "\${PBS_ARRAY_INDEX}q;d" file_list\` my_program < \$filename > \${filename}.output EOF qsub run_array_job |
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